Ново оружје за дијагнозу туберкулозе и откривање резистенције на лекове: циљано секвенцирање нове генерације (тНГС) у комбинацији са машинским учењем за дијагнозу преосетљивости на туберкулозу
Извештај о литератури: ЦЦа: дијагностички модел заснован на тНГС-у и машинском учењу, који је погодан за особе са мање бактеријске туберкулозе и туберкулозног менингитиса.
Наслов тезе: Секвенцирање следеће генерације и машинско учење циљано на туберкулозу: ултра-сензитивна дијагностичка стратегија за пауцифичне плућне тубуле и тубуларни менингитис.
Периодични часопис: 《Цлиница Цхимица Ацта》
ИФ：6.5
Датум објављивања: јануар 2024
У комбинацији са Универзитетом Кинеске академије наука и Пекиншком грудном болницом Медицинског универзитета Цапитал, Мацро & Мицро-Тест је успоставио модел дијагнозе туберкулозе заснован на новој генерацији технологије циљаног секвенцирања (тНГС) и методе машинског учења, која је обезбедила ултра-високу осетљивост на откривање туберкулозе са мало бактерија и туберкулозног менингитиса, пружила је нову методу дијагнозе преосетљивости за клиничку дијагнозу две врсте туберкулозе и помогла у прецизној дијагнози, откривању резистенције на лекове и лечењу туберкулозе.У исто време, утврђено је да се цфДНК плазме пацијента може користити као погодан тип узорка за клиничко узорковање у дијагнози ТБМ.
У овој студији 227 узорака плазме и узорака ликвора коришћено је за успостављање две клиничке кохорте, у којима су лабораторијски дијагностички кохортни узорци коришћени за успостављање модела машинског учења дијагнозе туберкулозе, а клинички дијагностички кохортни узорци су коришћени за верификацију утврђеног дијагностички модел.Сви узорци су прво били циљани специјално дизајнираним скупом циљаних сонде за хватање за Мицобацтериум туберцулосис.Затим, на основу података секвенцирања ТБ-тНГС, модел стабла одлучивања се користи за обављање 5-струке унакрсне валидације на сетовима за обуку и валидацију лабораторијског дијагностичког реда, и добијају се дијагностички прагови узорака плазме и узорака цереброспиналне течности.Добијени праг се доводи у два тест скупа клиничке дијагнозног реда за детекцију, а дијагностички учинак ученика се оцењује РОЦ кривом.На крају је добијен модел дијагнозе туберкулозе.
Слика 1 шематски дијаграм дизајна истраживања
Резултати: Према специфичним праговима узорка ДНК ЦСФ (АУЦ = 0,974) и цфДНК узорка плазме (АУЦ = 0,908) утврђеним у овој студији, међу 227 узорака, осетљивост узорка ЦСФ је била 97,01%, специфичност је била 95,65%, а осетљивост и специфичност узорка плазме биле су 82,61% и 86,36%.У анализи 44 упарених узорка цфДНК плазме и ДНК ликвора пацијената са ТБМ, дијагностичка стратегија ове студије има високу конзистентност од 90,91% (40/44) у цфДНК плазме и ДНК цереброспиналне течности, а осетљивост је 95,45% (42/44).Код деце са плућном туберкулозом, дијагностичка стратегија ове студије је осетљивија на узорке плазме од резултата Ксперт детекције узорака желудачног сока од истих пацијената (28,57% ВС 15,38%).
Слика 2 Перформансе анализе модела дијагнозе туберкулозе за узорке популације
Слика 3 Дијагностички резултати упарених узорака
Закључак: У овој студији установљена је преосетљива дијагностичка метода за туберкулозу, која може да обезбеди дијагностички алат са највећом детективном осетљивошћу за клиничке пацијенте са олигобациларном туберкулозом (негативна култура).Детекција преосетљиве туберкулозе на основу цфДНК плазме може бити погодан тип узорка за дијагнозу активне туберкулозе и туберкулозног менингитиса (узорке плазме је лакше прикупити него цереброспиналну течност за пацијенте за које се сумња на туберкулозу мозга).
Оригинална веза: хттпс://ввв.сциенцедирецт.цом/сциенце/артицле/пии/с0009898123004990?преко%3Дихуб
Кратко представљање производа за детекцију туберкулозе серије Мацро & Мицро-Тест
Имајући у виду компликовану ситуацију узорака пацијената са туберкулозом и различите потребе, Мацро & Мицро-Тест пружа комплетан сет НГС решења за екстракцију течности из узорака спутума, конструкцију и секвенцирање Куалцомм библиотеке и анализу података.Производи обухватају брзу дијагностику пацијената са туберкулозом, откривање резистенције туберкулозе на лекове, типизацију микобактерије туберкулозе и НТМ, дијагностику преосетљивости бактеријско-негативних туберкулозе и туберкулозних људи итд.
Комплети за серијску детекцију туберкулозе и микобактерија:
| Ставка бр | Назив производа | садржај тестирања производа | тип узорка | применљив модел |
| ХВТС-3012 | Средство за ослобађање узорка | Коришћен у третману течности узорака спутума, добио је првокласни рекордни број, Сутонг Мацхинери Екуипмент 20230047. | спутум | |
| ХВТС-НГС-П00021 | Куалцомм комплет за детекцију количине за преосетљиву туберкулозу (метод хватања сонде) | Неинвазивна (течна биопсија) детекција преосетљивости на бактеријску негативну плућну туберкулозу и чворове на мозгу;Узорци људи за које се сумња да су заражени туберкулозом или микобактеријама које нису туберкулозе анализирани су метагеномиком високе дубине секвенцирања и информације о откривању да ли су микобактерије туберкулозе или не-туберкулозне микобактерије заражене и главне информације о отпорности на лекове прве линије микобактерије туберкулозе. били обезбеђени. | Периферна крв, течност за испирање алвеола, хидроторакс и асцитес, узорак пункције фокуса, цереброспинална течност. | Друга генерација |
| ХВТС-НГС-Т001 | Комплет за типизацију микобактерија и детекцију резистенције на лекове (метода секвенцирања мултиплексног појачања) | Тест типизације микобактерија, укључујући МТБЦ и 187 НТМ；Детекција отпорности на лекове Мицобацтериум туберцулосис обухвата 13 лекова и 16 основних мутационих места гена резистенције на лекове. | Спутум, алвеоларна течност за испирање, хидроторакс и асцитес, узорак пункције фокуса, цереброспинална течност. | Двострука платформа друге/треће генерације |
Најважније: ХВТС-НГС-Т001 комплет за типизацију микобактерија и за детекцију резистенције на лекове (метода мултиплексног појачања)
Представљање производа
Производ је заснован на главним лековима прве и друге линије описаним у смерницама СЗО за лечење туберкулозе, макролидима и аминогликозидима који се обично користе у смерницама за лечење НТМ, а места резистенције на лекове покривају сву једну групу места у вези са резистенцијом на лекове у Каталог мутација комплекса Мицобацтериум туберцулосис СЗО, као и других пријављених гена резистенције на лекове и места мутација према истраживањима и статистичким подацима високо оцењене литературе у земљи и иностранству.
Идентификација куцања је заснована на НТМ сојевима сажетим у НТМ смерницама које је објавио Кинески часопис за туберкулозу и респираторне болести и на консензусу стручњака.Дизајнирани прајмери за куцање могу да појачају, секвенционирају и анотирају више од 190 НТМ врста.
Путем циљане мултиплексне ПЦР технологије амплификације, гени за генотипизацију и гени отпорни на лекове Мицобацтериум су амплификовани мултиплекс ПЦР-ом, и добијена је ампликонска комбинација циљних гена која треба да се детектује.Појачани производи могу бити конструисани у библиотеке секвенционирања друге или треће генерације високе пропусности, а све платформе за секвенцирање друге и треће генерације могу бити подвргнуте секвенцирању велике дубине да би се добиле информације о секвенци циљних гена.Поређењем са познатим мутацијама садржаним у уграђеној референтној бази података (укључујући каталог мутација комплекса СЗО Мицобацтериум туберцулосис и њену везу са резистенцијом на лекове), одређене су мутације које се односе на резистенцију на лекове или осетљивост на лекове против туберкулозе.У комбинацији са самоотвореним раствором за третман узорка спутума Мацро & Мицро-Тест-а, решен је проблем ниске ефикасности амплификације нуклеинске киселине клиничких узорака спутума (десет пута већа него код традиционалних метода), тако да се детекција секвенцирања резистенције на лекове може директно примењен на клиничке узорке спутума.
Опсег детекције производа
34гени повезани са резистенцијом на лекове18лекове против туберкулозе и6НТМ лекови су откривени, покривају297места отпорности на лекове;Десет врста Мицобацтериум туберцулосис и више од190откривене су врсте НТМ.
Табела 1: Информације о 18+6 лекова +190+НТМ
Предност производа
Снажна клиничка прилагодљивост: узорци спутума се могу директно детектовати са средством за самоукапљивање без културе.
Експериментална операција је једноставна: први круг операције појачања је једноставан, а изградња библиотеке је завршена за 3 сата, што побољшава ефикасност рада.
Свеобухватно куцање и резистентност на лекове: покривање места куцања и резистенције на лекове МТБ и НТМ, које су кључне тачке клиничке забринутости, прецизно куцање и откривање резистенције на лекове, подржавајући независни софтвер за анализу и генерисање извештаја о анализи једним кликом.
Компатибилност: компатибилност производа, прилагођавање маинстреам ИЛМ и МГИ/ОНТ платформама.
Спецификација производа
| Шифра производа | Назив производа | Детекциона платформа | спецификације |
| ХВТС-НГС-Т001 | Комплет за типизацију микобактерија и за детекцију резистенције на лекове (метода мултиплексне амплификације) | ОНТ、Иллумина、МГИ、Салус про | 16/96ркн |
Време поста: Јан-23-2024